El sector de operaciones cuenta con dos grandes áreas: una carga convencional bajo la responsabilidad del departamento de operaciones de carga y otra de carga contenerizada operada por la Terminal de contenedores.
Además se dispone de un taller de reparación y mantenimiento exclusivo para atender al equipo de la Terminal, cuatro carriles de vías férreas y 40 enchufes de tipo Standard de 440 voltios 60 ciclos para servicio de los contenedores y furgones que manejan carga refrigerada.
El canal de acceso al puerto es de 1,200 metros de longitud y de 400 metros de ancho, siendo su profundidad promedio de estos lugares de 12 metros. La demarcación y señalización son adecuadas para el seguro ingreso y salida de las naves: existe un faro en punta caballos (luz blanca) y 4 balizas en canal de acceso (2 verdes, 2 rojas).
Se cuenta con servicio de Internet, radioteléfono, VHF y UHF para comunicación con las naves y otros puertos. Se tiene instalados faros, boyas y balizas a lo largo de toda la costa.

	Terminal de Contenedores: Cabezales 57 Porta contenedores 8 Grúas Pórtico (paceco) 2. Grúas Convencionales 6. Cargadoras Frontales 4. Rastras 61
	Montacargas: 5 de 3,000 lbs. 6 de 6,000 lbs. 28 de 8,000 lbs. 12 de 15,000 lbs. 1 de 30,000 lbs.
	Marino Cantidad: Remolcadores 3 Botes pilotos 1

Container Security Initiative (CSI) 

El 7 de diciembre de 2006, el Departamento de Seguridad Nacional (DHS) y Energía (DOE) anunció la primera fase de la Iniciativa de Seguridad de Carga, un esfuerzo sin precedentes para aprovechar las actuales medidas de protección portuaria mediante la mejora de la capacidad del gobierno federal de los EE.UU. para escanear los contenedores de la energía nuclear y materiales radiológicos en el extranjero y para evaluar mejor el riesgo de entrada de los contenedores. La fase inicial del seguro de mercancías implica el despliegue de una combinación de la tecnología existente y probada dispositivos de detección nuclear a seis puertos extranjeros: Puerto Qasim, en Pakistán; Puerto Cortés en Honduras; Southampton en el Reino Unido; Puerto Salalah en Omán; Puerto de Singapur; y la Terminal Gamman en puerto de Busan en Corea. A partir de principios de 2007, los contenedores de estos puertos se analizarán los factores de riesgo de radiación y la información antes de poder partir hacia los Estados Unidos. 

Secure Freight Initiative (SFI) 

En marzo de 2007, bajo la iniciativa de Megapuerto, 3 RPMs (Radiation Portal Monitors - Portal de monitores de radiación) ya estaban instalados en Puerto Cortés por EE.UU. Departamento de Energía a fin de inspeccionar todos los contenedores con destino a EE.UU., la comprobación de posibles amenazas radiactivas peligrosas. El 2 de abril de 2007, el RPM entró en vigor.